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Mar 07, 2024

HCV에서 PKCι의 병원성 SNP 조사

Scientific Reports 13권, 기사 번호: 12504(2023) 이 기사 인용 167 액세스 1 Altmetric Metrics 세부 정보 간세포 암종은 다음과 같은 이유로 암 관련 사망의 주요 원인입니다.

Scientific Reports 13권, 기사 번호: 12504(2023) 이 기사 인용

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간세포암종은 진단의 복잡성, 화학저항성 및 공격적인 성격으로 인해 암 관련 사망의 주요 원인입니다. 단백질 키나제 C1(PKC1)에서 병원성 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP)을 확인하는 것은 HCC의 예후 및 치료에서 잠재적인 바이오마커가 될 수 있습니다. 이 연구는 PRKCI의 SNP와 파키스탄 인구의 간세포암종(HCC) 위험 사이의 연관성을 조사했습니다. 획득된 샘플은 역전사효소-PCR을 통한 ALT 측정 및 바이러스 부하 정량화에 대해 먼저 평가되었습니다. PKCι nsSNP rs1199520604는 잠재적 유해 효과를 예측하기 위해 여러 합의 생물정보학 도구를 사용하여 계산적으로 평가되었습니다. C형 간염 바이러스(HCV) 매개 HCC와의 연관성은 ARMS-PCR(Amplification Refractory Mutation System Polymerase Chain Reaction)을 통해 조사되었습니다. rs1199520604의 SNP 분석은 100개 사례와 100개 대조군을 대상으로 수행되었습니다. 변종 rs1199520604의 동형접합성 T 유전자형은 HCV 유발 간세포암종의 위험 인자 대립유전자입니다(승산비: 4.13, 상대 위험도: 2.01, P값 < 0.0001). 이형접합성 유전자형은 HCV 환자를 HCC 발병으로부터 보호하기 위해 결정됩니다(P < 0.001). 이 연구는 파키스탄 인구에서 변종 rs1199520604와 HCV 유발 HCC의 질병 연관성을 강조했습니다. 이 변종은 더 큰 집단에 대한 높은 처리량 조사를 통해 추가 검증을 거친 후 임상 수준에서 번역될 가능성이 있습니다.

암 관련 사망 중 간암은 전 세계 사망 원인 중 두 번째로 큰 원인입니다. 간세포암종(HCC)은 진단의 복잡성, 내화학성 및 공격적인 성격으로 인해 특히 개발도상국에서 가장 흔히 발생하는 간암 유형입니다. 이는 간세포에서 시작되며 전체 간암 사례의 75~85%를 차지합니다. 발생률은 유럽의 100,000명당 5.1명에서 동부 아시아의 100,000명당 17.7명으로 변경됩니다2. 파키스탄에서만 2020년에 간암으로 인해 4,354명의 신규 환자가 발생하고 4,365명이 사망했습니다. 이러한 지역 간 비율의 차이는 위험 요인 발생의 차이를 강조합니다3. 다른 위험 요소 외에도 HCC 발생과 관련된 중요한 요소 중 하나는 C형 간염 바이러스(HCV)4입니다.

단일 염기 다형성(SNP)은 개인들 사이에서 흔히 나타나는 유전적 변이입니다. SNP는 질병에 대한 유전적 마커로 등장했으며 수많은 SNP 마커가 공공 데이터베이스에서 이용 가능합니다. 이전 연구에서는 돌연변이를 유해하거나 유해하지 않은 것으로 정의하는 것의 중요성과 특정 질병과의 연관성을 보여주었습니다. GRIK1, MICA, HLA-DQA/DQB 및 KIF1B 유전자의 SNP는 HCC5의 위험과 관련이 있는 것으로 보고되었습니다. PKC 계열 단백질은 여러 연구에서 HCC와 긍정적으로 연관되어 있습니다6,7,8. 그러나 이러한 연구는 일반적으로 기능적 수준에서 발암 과정에 관여한다는 것을 나타냅니다. PKC 코딩 유전자(PRKCI) 내 SNP의 존재 및 HCC 감수성 및 진행과 같은 유전적 연관성은 아직 보고되지 않았습니다.

PKC1은 지질 의존성 세린/트레오닌 키나제이다. 이는 초기 분비 경로13에서 세포 생존9,10,11, 분화10, 극성12 및 미세소관 역학을 조절하는 여러 신호 전달 경로에 참여합니다. PKCι는 진화적으로 보존된 PKC 계열에 속합니다. 596개의 아미노산을 갖고 있으며, 분자 질량은 68,262 Da입니다. PKC 활성은 지질 2차 전달자(세라마이드, 포스파티딜이노시톨 3,4,5-트리포스페이트 및 포스파티드산), 포스포이노시티드 의존성 키나제(PDK1), 티로신 인산화 및 특정 단백질-단백질 상호작용에 의해 조절됩니다. PKC의 다른 동위효소와 비교하여 PRKCI는 진화론적 관점에서 더 보존됩니다. PKC1 및 PKCζ의 전체 아미노산 서열 상동성은 72%인 반면, 키나제 도메인은 86% 동일하다. PKC1은 PKC의 다른 이소형과 덜 상동성을 나타내며; 예를 들어 고도로 보존된 촉매 도메인에서도 다른 PKC 계열 단백질과 53%만 동일합니다. PKC 유전자 계열의 다형성은 이전에 갑상선 여포성 신생물 및 섬유육종의 발생과 관련이 있었습니다. PKC 계열의 비동의적 SNP도 섬유아세포 형질전환과 연관되어 있습니다. 코딩 유전자의 SNP 존재, 간세포암종 감수성 및 진행과 같은 PRKCI 유전적 연관성은 아직 보고되지 않았습니다. PRKCI의 독특한 발암 가능성과 HCC 진행에서 변종의 역할에 관한 데이터의 격차를 고려하여 우리는 현재 연구에서 고위험 PRKCI 변종 rs1199520604와 HCV 유발 HCC 사이의 연관성을 조사하기로 결정했습니다.